Główne sale ekspozycyjne Muzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku mieszczą się w odbudowanym w latach 1965 – 1970, gotycko – barokowym budynku dawnego pałacu biskupiego. W znajdującym się w południowo – wschodnim narożniku Wzgórza Katedralnego obiekcie, można zobaczyć m. in. dawne instrumenty nawigacyjne i geodezyjne na wystawie stałej "Astronomia w nawigacji i geodezji", ocalałe zabytkowe 3 witraże z dawnej siedziby Starostwa Powiatowego w Braniewie, przedstawiające widoki miast powiatu oraz bogatą kolekcję zrekonstruowanych witraży fromborskiej katedry, na wystawach "Witraże braniewskie", "Witraże fromborskie", a także ekspozycję "Mikołaj Kopernik – życie i dzieło".